1938年6月,他欣然接受了国民党政府延聘他为国民参政会参政员,并立即动身前往武汉出席参政会。在武汉,他初次会晤了周恩来,并与吴玉章、董必武等人重逢,交谈甚欢,使他进一步了解了中共关于抗日民族统一战线的政策。不久,张澜即在参政会上提出了“坚持抗日,反对妥协;坚持民主,反对独裁”的政治主张。蒋介石曾以监察院院长的要职相许,被张澜婉言拒绝,他认为自己无党无派,才能保持正直公正的立场,为促进团结抗日作出贡献。
10月,广州、武汉失守,中日战争进入了相持阶段。国民党政府迁入四川后,开始执行消极抗日、积极反共的政策。年底,汪精卫集团公开投敌叛国。张澜与黄炎培、梁漱溟等人立即在《新蜀报》上发表声明严厉声讨卖国贼的卑劣行径。他十分担忧国共两党的合作将出现危机。果然,1939年上半年,蒋介石秘密颁发了《限制异党活动办法》、《共党问题处理办法》等一系列反共文件,制造多起国共摩擦事件。6月间,四川的老军阀杨森即按蒋介石的旨意,制造了平江惨案,枪杀和活埋坚持抗战的新四军指战员。8月8日,张澜在寓所听取了董必武对平江惨案的详细介绍及中共中央一方面要求严惩凶手,一方面坚持抗日、团结、进步的方针后,对国民党顽固派破坏团结抗战的阴谋十分愤慨,对中共仍以大局为重的政策十分钦佩。在国民参政会第四次大会上,张澜即支持中共参政员关于结束国民党党治和实施宪政的要求。蒋介石完全拒绝了这个要求,且变本加厉地一意孤行。10月间,蒋介石宣布自己兼任四川省主席,企图借此加强他的独裁统治。张澜对此极为不满,发表了《建设川省,川人应有之责任》一文,号召四川人民为了抗战,必须加强团结。实际上就是反对蒋介石的横行霸道,提醒人们对蒋介石的所作所为要有所警惕。
1941年,蒋介石制造了震惊中外的皖南事变。国共合作的抗日战争出现了空前的危机。张澜与其他民主人士奔走于国共两党之间进行调解,但由于国民党方面缺乏合作的诚意,终使调解无效。2月间,当时的六个小党派倡议建立中国民主政团同盟,目的是使自己成为一个大的力量居于国共两党之间,调和监督,以期全国终能达到民主的团结。张澜是以个人身分参加协商筹备的。3月间,在鲜英的住宅特园举行了成立大会,推黄炎培为主席。不久,黄炎培辞职,改推张澜为主席。这是因为张澜具备三个条件:他是无党派人士,是个公认的超然人物,能公正地判断是非;他坚持抗战,反对独裁的立场坚定,他与川康两省的地方实力派有深广的联系。