以曾国藩为代表的湘军统帅们，在战争的实践中所形成的以儒家学说作为建军、治军之本的军事思想，对晚清及以后的军事活动都产生了极大的影响。

1. 以忠君卫道作为建军宗旨

曾国藩继承了传统的儒家思想，特别是程、朱理学的说教。他推崇封建礼教至高至深，把忠君勤王和捍卫封建礼教作为他的建军宗旨。

曾国藩的整个治军方略，都贯穿着他所坚持的封建伦理纲常。他在组建湘军时，其捍卫封建礼教的建军宗旨，就在他出师衡州时发布的《讨粤匪檄》一文中表达得异常明确。曾国藩十分了解中国士大夫乃至一般民众的特殊文化心态，针对太平天国独尊上帝的宗教大做文章，提出了要维护名教，他说“自唐虞三代以来，上下尊卑，秩然如冠履之不可倒置”，而太平军之所为，“举中国数千年礼仪人伦诗书典则一旦扫地荡尽，此岂独吾大清之变，乃开辟以来名教之奇变”。他以此来号召那些受封建礼教熏染的士大夫们或从军，或参战，或出钱出力，支助湘军，“以卫吾道”。曾国藩的动员令，确实起到了显著的效果。一时间那些受封建传统观念熏陶的学人士子、农夫山民，自觉或不自觉地汇集在曾国藩的旗帜下，成为了镇压农民起义的马前卒。

他提倡忠君卫道、以儒家学说治军的这一宗旨还贯彻在选将、募兵、军队管理以及协调军内外关系等方面。

曾国藩治军把选将作为第一要务，他说，“行军之道，择将为先。”他的选将标准是德才兼备，智勇双全，而把德放在首位，并把德的内涵概括为“忠义血性”。他提出，“带勇之人，该求我党血性男子，有忠义之气而兼娴韬钤之秘者，与之共谋。”又说“带勇之人，第一要才堪治民，第二要不怕死，第三要不计名利，第四要耐受辛苦。”“大抵有忠义血性，则相从以俱至，无忠义血性，则貌似四者，终不可恃。”曾国藩认为，“忠义血性”的将领主要应从既受封建礼教熏陶又少官场恶习的儒生士子中去选择。罗尔纲在《湘军兵制》中统计，凡姓名、籍贯、出身、职务可查的湘军将领179人中，儒生出身的104人，占58%。以如此众多的儒生为将，这在历代军事史上都是罕见的。

将清朝的世兵制改革为募兵制，也是曾国藩建立湘军的首要一着。他说，“数年来痛恨军营习气，武弁自守备以上无一人不丧尽天良。故决计不用营兵，不用镇将。”因此，他组建湘军时，主张不在市民而在乡农中招募兵员。其用意就是乡农中招募的兵员朴实壮健，有利于灌输封建的忠义伦理思想和便于适应艰苦残酷的战争环境。曾国藩还规定，“招募兵勇，须取具保结，造具府县、里居、父母、兄弟、妻子名姓、箕斗清册。各结附册，以便清查。”凡无保者，概不招募。曾国藩的这一做法，完全是承袭了明末抗倭名将戚继光的募兵思想。

曾国藩对绿营的编制方面也进行了改弦更张。湘军的编制以营为基本作战单位，营以下设哨，哨以下陆师为队，水师为船，马队为棚。湘军之始，营以上不再设官，各营全辖于曾国藩一人。其后营数增多，才有统领和分统的称谓。曾国藩要求以将必亲选、兵必自找、层层节制的原则组建军队，自统领至兵勇都是逐级进行募选，改变了绿营中“兵与兵不相知，兵与将不相习”的弊病，但也明显暴露了建立私家军队的用心，并从此就开创了近代中国“兵为将有”的先例，军阀拥兵割据的局面也就初显端倪了。