实际上，日本早在二战期间就曾秘密研制原子弹。在二战前，日本的核研究工作就有了一定基础，特别是它拥有了当时第一流的研究员，如著名核物理学家玻尔的高足仁科芳雄，和对核物理研究有相当造诣的二阶义男、荒胜文策等20余人。其中，荒胜文策在1934年就曾进行过人工轰击原子核的实验，并获得了成功。二战开始后，负责陆军科研工作的陆军航空技术研究所所长安田武雄非常注重核物理的研究工作，当时的首相，战争狂人东条英机也很重视，他看到核物理在军事上有应用价值的文章后，就要求专家们好好研究。1941年5月，东条英机已经密令研制工作迅速展开。但直到二战结束，日本甚至还未能分离出用作原子弹核燃料的铀-235。战后国际社会关于日本暗中搞核武器的议论也时有出现。冷战后，特别是随着日本加快走向政治大国战略目标的步伐以及东北亚地区形势的变化，日本“核武装”问题再度凸显，成为国际社会特别是亚洲国家的关注焦点，笼罩在日本头上的“核嫌疑”阴影久拂不去。

    1994年日本《世界日报》的一则报道称，“日本核武装论”在美国已“作为一般印象固定下来”，这是一些有影响的专家基于认真分析得出的理性结论。1995年，日本著名的《宝石》杂志更是披露说“日本能用183天制造出原子弹”。英国也有军事咨情报告说，“日本已具备制造核武器的所有条件，甚至有可能已秘密制造出一个只需装上浓缩钚就完成组装的核弹”。

    日本对延长核不扩散条约(NPT)持消极态度。在1993年7月的西方七国首脑会议上，与会各国均主张无条件、无限期延长NPT，而惟独东道国日本表示反对。其理由是，鉴于亚太“有可能发生威胁日本国家安全的事态”，这样做可能导致“日本的行动选择受限”。美国报界对此反应迅速，指责日本“已从战后一贯坚持的'无核三原则'上倒退，含有将来开发核武器的意图”。国际舆论指出，从核能产业的规模和技术水平看，日本加入NPT明显能够获利，它反对延长NPT显然不是出于经济和技术上考虑，而是基于进行带有军事目的核开发对国家利益更为有利的判断，实际是要保留进行核武装的余地。

    日本政府要人时有“核开发的余地”的暗示。1993年春，日本外相武藤嘉文在新加坡举行的东盟会议上强调，如果有朝一日美国撤除“核保护伞”，“那么我们拥有可以制造核武器的自信心是非常重要的”。这是战后日本政府首次表示“不排除”制造核武器的可能性。1994年6月，日本首相羽田孜曾对记者称，日本“有开发核武器的能力”，但是“不制造”。这在当时引起国际舆论的广泛关注。实际上早在此前一年，日本政府官员在国会回答质询时就曾说过，“NPT中有关于退出的条款，在发生战事时可以退出”。自民党部分议员也称，“日本不能排除拥有核武器的可能性”。

    日本在20世纪60年代佐藤内阁时期曾提出一个“不拥有、不制造、不运进”核武器的“无核三原则”。但实际上，日本一直接受美国部署、转移核武器停靠、进出日本港口，明显违背了“无核三原则”。据日本舆论披露，也就是在佐藤执政期间，日本曾秘密研究开发核武器。当时外务省的一份秘密文件即称“日本具有制造核武器的能力，不会接受来自周围的干涉”。1994年6月6日，日本外务省在向国际司法法院提交的“关于使用核武器的陈述书”中表明了日本政府的“一贯见解”：“使用核武器并不能说违背国际法。”按这一说法，既然连使用都不算违法，那么“拥有、制造、运进”核武器，自然似乎更无须大惊小怪了。