分管海关口的对外贸易部副部长

　　1954年11月1日，孔原被任命为对外贸易部副部长（部长叶季壮），直到1957年9月6日离任。作为对外贸易部副部长，孔原分管海关口等工作。1954年12月31日，孔原作为中国政府代表，和朝鲜贸易省副相黄泰成在北京签订了《中华人民共和国一九五五年以物资和现金援助朝鲜民主主义人民共和国的议定书》，决定中国政府将以建筑器材、交通器材、金属制品、货车、机器、化工原料、纺织器材、煤炭、布匹和纸张等货物援助供应朝鲜。1956年党的八大上，孔原当选为候补中央委员。1958年3月7日，孔原调离对外贸易部，到陈毅任主任的国务院外事办公室担任副主任。

　　主持情报工作，是孔原在从事海关工作之后的主要工作。新中国成立后，中共中央社会部改称中央调查部，负责情报工作，李克农任部长，孔原兼任副部长。1962年2月9日，李克农病逝后，副部长孔原接任部长，成为新中国第二任中央调查部部长。“文革”后，孔原基本上淡出了领导一线，主要工作岗位在人大和政协，任第五届全国人大常委会副秘书长、第五届全国政协常委。在1982年9月举行的中共十二大上，孔原当选为中央顾问委员会委员。

　　1988年7月，中央军委发布《关于授予军队离休干部中国人民解放军功勋荣誉章的规定》，决定为军队离休干部分别授予一级红星功勋荣誉章、二级红星功勋荣誉章、独立功勋荣誉章、胜利功勋荣誉章，这是对建国以前参加革命队伍的人民功臣们的一次集中的表彰。鉴于孔原对中国情报保卫事业的突出贡献，中央军委授予他一级红星勋章。1990年9月21日，孔原在北京病逝，享年84岁。